Die Evangelischen Kirchenbürger*innen von Stettfurt besuchten seit der Reformation die Gottesdienste in der ehemals paritätischen Kirche Wängi. 200 Jahre später wünschten sie sich eine eigene Kirche. Sie wurden dabei unterstützt vom thurgauischen Landvogt Emanuel Tscharner.

Am 15. April 1746 wurde mit dem Bau der Kirche begonnen und bereits am 20. Juli des gleichen Jahres fand die Einweihung statt. Vier Jahre später wurde neben der Kirche das Pfarrhaus erstellt. 1953 wurde westlich der Kirche das heute noch bestehende neue Pfarrhaus gebaut.

Das Gotteshaus, ein einfacher Rechteckbau, seinerzeit «Bethaus» genannt, wurde im Laufe der Jahrhunderte mehrfach modernisiert. Die bedeutendste Veränderung wurde im Jahre 1900 vorgenommen, indem der vierkantige Dachreiter mit seiner hochgezogenen Zwiebel durch einen neugotischen Kirchturm nach Plänen von Architekt O. Meyer, Frauenfeld, ersetzt und das Dach des Kirchenschiffes mit Treppengiebeln (1951 wieder entfernt) ergänzt. Auch im Innern wurden neugotische Anpassungen vorgenommen durch die Anschaffung neuer Kirchenfenster, einer neuen Bestuhlung und die Ersetzung der Holzkassetten durch eine Gipsdecke.

Der Turm und das Geläute wurden gestiftet vom Stettfurter Bürger und damaligen Bundesrichter Dr. Jakob Huldreich Bachmann. Die vier Glocken aus dem Jahre 1900 wurden in der Firma Rüetschi in Aarau gegossen und haben ein Gesamtgewicht von 3445 kg. Sie sind abgestimmt auf "es", "ges", "as" und "ces" und tragen verteilt die Inschriften «Ehre sei Gott in der Höhe / Friede auf Erden / An den Menschen ein Wohlgefallen / Gott ist die Liebe». Das Geläute wurde 1966 ergänzt durch eine kleine Glocke (180 kg). Diese ist abgestimmt auf den Ton "es" und trägt die Inschrift «Wer in der Liebe bleibt, der bleibt in Gott und Gott in ihm».

Das Innere der Kirche wurde 1937 stark verändert durch den Einbau einer Orgel, die das bisherige Harmonium ersetzte. Nach Plänen von Architekt Martin Risch wurde die 13 Register umfassende pneumatische Orgel der Firma O. Metzler, Dietikon, im Chor eingebaut, wobei die Kanzel von der Ost- auf die Westseite verlegt und die östlichen Fensteröffnungen zugemauert wurden.

Die Fenster in unserer Kirche waren 2020 Teil der Bestandesaufnahme der kunstwissenschaftlichen Bearbeitung der Glasmalereien im Kanton Thurgau im Rahmen des "Corpus Vitrearum". Ziel dieses Projekts ist, Werke in Kirchen, Museen und anderen Sammlungen zu erforschen. Die Glasmalereien des 14. bis 20. Jahrhunderts wurden darin erfasst und auf vitrosearch.ch veröffentlicht. Die Datenbank wurde 2017 realisiert und erlaubt, die Werke nach unterschiedlichen Kriterien zu suchen (Standort, Künstlerin und Künstler, Werkstatt, Art des Objekts, Ikonografie), um sie in einen kulturgeschichtlichen Kontext einzubetten. Vitrosearch steht unter der Verantwortung des Vitrocentre Romont und der Kommission für das Corpus Vitrearum der Schweizerischen Akademie der Geistes- und Sozialwissenschaften. Es handelt sich um ein nicht gewinnorientiertes, mit öffentlichen Mitteln finanziertes Projekt.
Bei den Glasfenstern handelt es sich um folgende Werke:

· Berbig Friedrich, Ornamentfenster, 1900, 300x100 cm, TG_1037
· Berbig Friedrich, Luther-Fenster, 1900, 300x100 cm, TG_1038
· Berbig Friedrich, Zwingli-Fenster, 1900, 300x100 cm, TG_1039
· Berbig Friedrich, Ornamentfenster, 1900, 300x100 cm, TG_1040

In den Jahren 1992/93 wurde eine Innen- und Aussenrenovation der Kirche (und des Pfarrhauses) nach Plänen von Architekt H. Schmidt, Sirnach, vorgenommen. Erneuerung der Turmeindeckung, neue Farbanstriche, Dreifachverglasung der Fenster, Vergrösserung der liturgischen Zone, neues Wandtäfer mit Chorstühlen, Warmwasser Bodenheizung. Am 8. Januar 1995 wurde die neue 14 Register zählende Orgel mit dem barocken Nussbaum-Prospekt der Firma Armin Hauser, Kleindöttingen, ihrer Bestimmung übergeben. 2022/23 wurde die Orgel von der gleichen Firma komplett revidiert und ertönt wieder in wunderbaren Klängen.
2022 wurde auch die Haupteingangstüre in Gänze ersetzt, gefertigt aus Eichenholz. Auch der Oberlicht wurde mit Zweifachverglasung erneuert. Ein im Türblatt integriertes während den Nachtstunden automatisches Schliesssystem wurde eingesetzt.

Aus der Zeit von 1746 sind in der Kirche noch die Kanzel vorhanden mit den in Einlegearbeit angebrachten Worten «Theo kai Christo» und der Taufstein mit der Inschrift «Lasset Die kindlein zu Mir komme, und Wehretes Ihnen nicht dann solcher ist das reich Gottes Marci X» (Mark. 10.14).